En 1964 se graduó como experto en agronomía, y se especializó después en procesamiento agroindustrial del tabaco en la universidad norteamericana de Carolina del Norte. A continuación comenzó a trabajar en la República Dominicana como investigador del Instituto del Tabaco, en el que trabajó en la organización de las cooperativas tabacaleras. A mediados de la década de 1960 fundó el Movimiento Familiar Cristiano. En 1973 se convirtió en presidente de la Asociación Nacional de Profesionales Agrícolas.
A través de Antonio Guzmán se afilió al Partido Revolucionario Dominicano (PRD), partido de orientación socialdemócrata que había sido fundado por Juan Bosch en 1939. Cuando Guzmán ganó las elecciones presidenciales de 1978, Mejía fue designado secretario de Estado de Agricultura. Sin embargo, al pasar la presidencia a manos de Jorge Blanco en 1982, Hipólito Mejía regresó a sus labores como empresario, obteniendo una serie de éxitos continuados con los negocios familiares, y también como consultor de empresas multinacionales.
Mejía, sin embargo, no abandonó su vínculo con la política. En 1990 José Francisco Peña Gómez, que había sido su mentor, lo llevó como candidato a la vicepresidencia en las elecciones generales, candidatura que se repitió en la campaña electoral de 1993, ratificando la confianza depositada en él por el carismático líder. En ambas elecciones el PRD fue derrotado por el casi vitalicio Joaquín Balaguer. La derrota de 1994, sin embargo, fue atribuida a un fraude masivo, y puso en evidencia la falta de transparencia del proceso político dominicano en ese momento.
El 11 de mayo de 1998 falleció José Francisco Peña Gómez, y su muerte, inesperada, comprometió la unidad del PRD. Ello hizo que Mejía decidiera postularse para las elecciones presidenciales de 2000. Dentro del propio partido su posición se consolidó: en la consulta interna realizada el 20 de junio de 1999, obtuvo el 82 por ciento de los votos de los militantes, lo que aseguró el respaldo firme del partido a su candidatura.
