Segundo Gobierno De Leonel

Fernández fue elegido para un segundo mandato en las elecciones presidenciales celebradas el 16 de mayo de 2004 con una mayoría absoluta y el segundo porcentaje más alto en la historia Dominicana (57%), representando al PLD. Su victoria se debió en gran parte a la caída de la economía dominicana producto de los desaciertos del gobierno de Hipólito Mejía. Fernández encontró una atmósfera donde primaban los altos precios del petróleo y una economía en crisis internacionales después del 9/11, un endeudamiento excesivo durante el gobierno de Mejía y el fracaso de tres de los bancos más grandes del país: Banco Intercontinental (Baninter), Bancrédito y Banco Mercantil. En un esfuerzo por evitar un mayor caos económico, el gobierno de Mejía le pagó a los clientes de los bancos generando así deudas públicas aún mayor. Algunos de los banqueros implicados fueron juzgados y apresados; sin embargo, la magnitud de sus fraudes fue difícil de medir por el vínculo que existía entre ellos y las administraciones de Fernández y Mejía, respectivamente. Se hizo casi imposible lograr una verdadera contabilidad de lo que dio lugar a la quiebra.

Fernández fue juramentado oficialmente el 16 de agosto de 2004. Él es visto por muchos dominicanos como un pensador innovador, sin embargo se le considera muy tradicional en relación con la inversión social. Según el sociólogo dominicano José Oviedo, "El país confía en él con la economía, pero no parecen prestar mucha atención a las cuestiones sociales." La prosperidad económica, de la que se jacta su gobierno, no parece llegar a la gente.¹³

Al iniciar su segundo mandato presidencial tuvo que lidiar con la crisis económica heredada del gobierno anterior, fruto del rescate bancario originado por los malos manejos de algunos sectores de la banca privada y que se había estado gestando desde finales de los años 80. Esto trajo consigo un costo para la economía local. Para combatir esta crisis fueron necesarias tomar medidas drásticas como la reducción de la tasa del dólar, medida que provocó la pérdida de más de 120.000 empleos en las zonas francas y un salto impresionante en la deuda interna. Esta deuda, conocida como "déficit cuasi-fiscal" motivó la introducción al Congreso de una ley con el objetivo de desmontarla a diez años. Los implicados en este caso, parte de los que fueron condenados, fueron puestos en libertad mediante un decreto de Fernández, lo cual fue muy criticado por diversos sectores.

Fernández realizó esfuerzos para aminorar la brecha digital en el país. Esto comienza a lograrse con la poca educación informática y el establecimiento de centros informáticos en todo el territorio, programa que desarrolla con el apoyo logístico de su esposa, la Primera Dama de la República, Margarita Cedeño de Fernández quien ha construido los denominados "Centros Comunitarios", pero que a la vez ha sido criticada, ya que se le ha asignado presupuesto, lo cual no amerita según el cargo. La meta es que existan 155 de estos centros: el equivalente a la totalidad de los municipios de la República Dominicana. Este plan ha encontrado el apoyo de importantes instituciones educativas entre las que se encuentra el Instituto Tecnológico de Monterrey, con el cual se formalizó un acuerdo para mejorar la educación media, niveles de grado y posgrado.

Bajo este mandato, se fundó el Parque Cibernético, zona franca de alta tecnología, en septiembre de 2004, creó la Comisión Internacional Asesora de Ciencia y Tecnología - (CIACT), una iniciativa novedosa dedicada a enlazar la comunidad científica y tecnológica internacional con la República Dominicana.

Muchos sostienen que su énfasis en el desarrollo tecnológico es a menudo a expensas de las necesidades básicas como alimentación, salud y educación. Quizás el mayor problema de Fernández durante los dos períodos en el cargo fue su incapacidad para resolver los problemas crónicos de energía del país, así como su falta de voluntad para enfrentarse con el clientelismo y lacorrupción gubernamental. Su posición como asesor legal del quebrado Banco Intercontinental saca a la luz su posible vinculación en la influencia del gobierno en dicho banco.

Metro de Santo Domingo

Fernández sometió el proyecto de construcción del Metro de Santo Domingo por vía de la Oficina para el Reordenamiento del Transporte (OPRET) en octubre de 2005, bajo el argumento de mejorar el tránsito de la ciudad de Santo Domingo mediante un sistema moderno y desvinculado de las fluctuaciones de precio en los combustibles, tanto en el mercado mundial como en el mercado interno.^{[cita requerida]}

En la XI Feria Internacional del Libro Santo domingo 2008 el sistema ofreció transporte gratuito y se realizaron "pruebas precomerciales" el 22 de diciembre de 2008, con la finalidad de educar a los usuarios sobre este nuevo sistema de transporte en la ciudad capital. El 29 de enero de 2009 quedó inaugurada oficialmente la primera línea del Metro de Santo Domingo.^{[cita requerida]}

Desde que se dio a conocer el proyecto del Metro, ciertos sectores sociales de la sociedad civil y de la oposición manifestaron su desacuerdo con el proyecto argumentando entre otras cosas sus altos costos de ejecución y de mantenimiento.¹⁵

También se argumentó que la demanda de recursos en este proyecto iba en detrimento de la satisfacción de necesidades fundamentales del país como la salud, la educación, la problemática del sector eléctrico y el acceso a los productos de la canasta familiar básicas.